使用強溶劑沖洗色譜柱對內部填料的損傷是zui大的，尤其是純水，除非你的色譜柱是耐水的。沖洗色譜柱的方法是用流動相比例的水系和有機系來沖洗。如果認為流動相比例無法把色譜柱沖洗干凈或者此比例中有機系占有比例過大，可以使用內含10%左右的純水來沖洗。

　　對于色譜柱的污染，*的就是篩板，因此我們zui常用的做法就是把柱頭卸下來，把篩板拿去超聲清洗。但是我們在拆卸過程中對色譜柱前端填料的損害遠遠大于污染照成的傷害，因此建議這一步能不做就不做。

　　液相色譜柱是消耗品，會隨使用時間或進樣的次數增加，出現色譜峰高降低，峰寬加大或出現肩峰，柱效下降。需要定期進行*清洗和再生。

　　1.反相柱

　　分別用甲醇：水=90：10、純甲醇、二氯甲烷等溶劑著流動相，依次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的色譜柱體積。然后再以相反的次序沖洗。

　　2.正相柱

　　分別用正己烷、異丙醇、二氯甲烷、甲醇等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的柱體積(異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高)。注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷。所有的流動相必須嚴格脫水。

　　3.離子交換柱

　　長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導致色譜柱離子交換能力下降，。用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。

　　用戶還可以選擇能溶解柱內污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復到新柱的水平的。